Su primer grupo fue Maria João & Friends, pero su primer disco no llegó hasta 1983, titulado Maria João Quinteto. En su repertorio aparecían muchos estándares americanos del jazz, incluido el célebre Blue Moon, popularizado por Billie Holiday.
Junto a la pianista japonesa Aki Takase, logró cambiar muchos conceptos del mundo del free jazz y marcó un punto de inflexión para el estilo y su repertorio. De la colaboración con grandes músicos portugueses como José Peixoto, Carlos Bica, José Salgueiro y Mário Laginha vio la luz su disco titulado SOL (1991), en el que la música tradicional portuguesa y el jazz se fusionaron logrando un resultado final excelente, con un sonido original.
El álbum Danzas, lanzado en 1994 con Vervet, marcó el comienzo de una nueva etapa y un nuevo dúo que continúa en la actualidad con el pianista Mário Laginha.
Maria João ha realizado numerosas colaboraciones y giras con artistas de talla mundial como Gilberto Gil, Christofer Lauer, Bob Stenson o el mencionado Mário Laginha. En 2001 comenzó a trabajar con el grupo de Joe Zawinul, ex teclista de los míticos Weather Report, con el que se presentó en vivo durante más de un año en varios festivales de jazz europeos, participando también en el proyecto Susana Bacca y Paulo Flores.
Maria João inició en 2009 un nuevo proyecto, Ogree, que cuenta con la participación de los jóvenes músicos João Farinha (piano y teclados), Júlio Resende (piano), Joel Silva (batería) y André Nascimento (electrónica). Una vez más, la cantante vuela a un lugar nuevo, explorando territorios musicales completamente vírgenes para ella, y con el que sigue girando, variando su formato a conveniencia.